Les dents sont apparues chez l'ancêtre des Gnathostomes il y a à peu près 450 millions d'années. Elles sont issues de structures dermo-épidermiques (les odontodes) qui étaient disposés régulièrement sur la totalité de la surface du corps des Ostracodermes. Ces structures auraient migrées au sein de la bouche chez les Gnathostomes.
Ces structures ont ensuite évolué de diverses manières dans les différentes lignées, fréquemment en relation avec le régime alimentaire. On peut ainsi observer une spécialisation des dents des Mammifères selon l'axe antéro-postérieur, avec la naissance d'incisives, de canines, de prémolaires et de molaires. La forme des dents, et surtout des dents jugales (molaires et prémolaires), présente aussi une grande spécialisation chez les Mammifères, avec l'évolution d'une occlusion des dents supérieures et inférieures, c'est-à-dire une complémentarité de forme entre les dents supérieures et inférieures donnant la possibilité une augmentation de la surface et de l'efficacité du broyage lors de la mastication.
L'évolution des dents chez les Vertébrés est aussi marquée par de nombreuses régressions.
Chez les Mammifères, on observe une diminution du nombre de génération dentaire : la polyphyodontie (nombreux remplacements des dents), caractère ancestral qu'on retrouve par exemple chez les Gnathostomes comme le requin, est remplacé par une diphyodontie (un seul remplacement dentaire, par conséquent uniquement deux génération de dents (dents de lait et dents adultes), ou alors par une monophyodontie (pas de remplacement dentaire) chez certains groupes. On note aussi une tendance générale à la réduction du nombre de dents (surtout des dents jugales) chez les Mammifères.
Cette tendance est exagérée chez les Monotrèmes qui ont perdu les incisives et les canines, et ont un nombre de molaires et de prémolaires particulièrement réduit. La régression des dents est même totale chez les Oiseaux, qui n'ont plus de dents du tout, mais chez lesquels ont peut toujours observer au cours du développement des bourgeons de dent qui avortent ensuite.